En 1624 la villa de Vaciamadrid se componía de 24 vecinos. En aquel tiempo nuestro templo estaba anexo a la parroquia de Perales del Río.
Fue en 1632, el 21 de marzo, a petición de los ciudadanos de esta villa con la autorización del Cardenal Zapata, arzobispo de Toledo, cuando se inaugura un nuevo templo a la vez parroquial con el título de San Marcos.
Este templo no conoció nuestros días, ya que a causa de una crecida del río Manzanares se demolieron los cimientos. Se tuvo que edificar otro templo que permaneció en pie hasta la guerra civil.
De éste se conservó la pila bautismal rescatada de entre los escombros y que se encuentra en el templo actual inaugurado el 23 de julio de 1959. Y este es el actual templo en el que convivimos y que nos sirve de reunión para escuchar la palabra del Señor, compartiendo plaza con el ayuntamiento de Rivas-Vaciamadrid. Anexo al templo se encuentra el despacho parroquial, el salón parroquial y, en el piso superior, la residencia de nuestro estimado párroco.
La iglesia parroquial de Rivas-Vaciamadrid es de estilo neoclásico, resultando su factura realmente bella. Podemos destacar de ella la presencia, en su techo, de las vistosas cigüeñas, las cuales ya no emigran en invierno y permanecen durante todo el año con nosotros, alegrando la vista de todos aquellos amantes de las aves y de los pequeños de nuestra parroquia que no dejan de asombrarse de la existencia de pájaros con una "sola pata".
En verano de 2008 se acometieron unas necesarias obras de remodelación ante la necesidad de acondicionar un edificio de casi 50 años y para aumentar la capacidad del mismo, ya que con el aumento de la población del núcleo urbano, nuestra iglesia se nos había quedado pequeña.
Después de muchos años de esfuerzos y de acumulación del capital necesario se afrontaron dichas obras, con la única ayuda de los fieles y del Arzobispado de Alcalá de Henares, mostrando siempre receptivo y amable ante nuestras peticiones.
Actualmente las obras más visibles están terminadas, pero quedan pendientes remodelaciones importantes que con ayuda de Dios esperamos acometer lo antes posible.